Twój test na obecność koronawirusa jest pozytywny. Może nie powinien być

NYT wykazuje powołując się na ostatnie badania testów RT- PCR, że laboratoria w USA używają w swoich termocklerach liczby cykli Ct =37 i 40. Przy takiej liczbie Ct większość wyników pozytywnych w USA może być fałszywa, czyli że większość tych,  którzy uzyskali wynik pozytywny, mogła nie mieć w ogóle wirusa SARS-CoV-2.

Zwykłe testy diagnostyczne mogą być po prostu zbyt czułe i zbyt wolne, aby powstrzymać rozprzestrzenianie się wirusa.

Niektórzy z czołowych ekspertów w dziedzinie zdrowia publicznego podnoszą nowe wątpliwości w niekończącej się debacie o testach na obecność koronawirusa w Stanach Zjednoczonych. Standardowe testy diagnozują ogromną liczbę osób, które mają w sobie całkiem nieznaczące ilości wirusa.

Większość z tych osób prawdopodobnie nie zaraża, a oznaczanie ich jako pozytywnych może przyczynić się do powstania wąskich gardeł, które uniemożliwiają znalezienie na czas ludzi, którzy faktycznie zarażają. Ale naukowcy twierdzą, że rozwiązaniem nie jest wykonywanie mniejszej ilości testów, lub rezygnacja z testowania osób bez objawów, jak ostatnio zasugerowały to Centra Kontroli i Zapobiegania Chorobom (Centers for Disease Control and Prevention).

Zamiast tego, nowe dane podkreślają potrzebę bardziej powszechnego stosowania szybkich testów, nawet jeśli są one mniej czułe.

"Decyzja o nie przeprowadzaniu testów na osobach bezobjawowych byłaby krokiem wstecz", powiedział dr Michael Mina, epidemiolog z Harvard T.H. Chan School of Public Health powołując się na rekomendację C.D.C.

"W rzeczywistości, powinniśmy zwiększać liczbę testów na różnych osobach", powiedział, "ale musimy to robić przy użyciu różnych mechanizmów".

Administracja Trumpa ogłosiła w czwartek, że zakupi 150 milionów szybkich testów, co może być krokiem w tym kierunku.

Najszerzej stosowany test diagnostyczny na obecność nowego koronawirusa, znany jako test PCR na pytanie, czy pacjent jest zakażony, daje prostą odpowiedź "tak” lub „nie".

Jednak podobne testy PCR na obecność innych wirusów dają pewne wyobrażenie o tym, jak zaraźliwy może być zainfekowany pacjent: Wyniki mogą zawierać przybliżone ilości wirusa w organizmie pacjenta.

"Używamy jednego typu danych do wszystkiego – mówiących wyłącznie o tym, czy jest plus czy minus - to wszystko", powiedział dr Mina. "Używamy ich do diagnostyki klinicznej, zdrowia publicznego, podejmowania decyzji politycznych."

Faktem jest jednak, że nie jest to wystarczająco dobre, dodaje. To ilość wirusa powinna dyktować kolejne kroki zainfekowanemu pacjentowi. "Jestem zdania, że pomijanie faktu, iż decydująca jest ilość (wirusa), jest naprawdę nieodpowiedzialne", powiedział dr Mina.

Test PCR wzmacnia materię genetyczną wirusa w cyklach; im mniej cykli potrzeba dla wykrycia wirusa, tym większa ilość wirusów, czyli miano wirusa w próbce. Im większa ilość wirusów, tym większe prawdopodobieństwo, że pacjenta będzie zarażał.

Ta liczba cykli amplifikacji potrzebnych do znalezienia wirusa, nazywana progiem cyklu, nigdy nie jest uwzględniana w wynikach wysyłanych do lekarzy i pacjentów z koronawirusem, chociaż mogłaby im powiedzieć, jak bardzo zakaźni są pacjenci.

Jak wykazał The Times, w trzech zestawach danych testowych zebranych przez urzędników w Massachusetts, Nowym Jorku i Nevadzie, w których uwzględniono progi cykli, nawet 90 procent osób, które uzyskały wynik pozytywny, miało w sobie jedynie śladowe ilości wirusa.

W czwartek Stany Zjednoczone odnotowały 45 604 nowych przypadków koronawirusa, zgodnie z bazą danych prowadzoną przez The Times. Jeśli wskaźniki zakaźności w Massachusetts i Nowym Jorku miałyby obowiązywać w całym kraju, to być może tylko 4500 z tych osób będzie musiało faktycznie odizolować się i poddać się śledzeniu kontaktów.

Jednym z rozwiązań mogłoby być dostosowanie progu cyklu stosowanego obecnie przy podejmowaniu decyzji o tym, czy pacjent jest zakażony. Większość testów ma limit ustawiony na 40, niektóre na 37. Oznacza to, że pacjent ma pozytywny wynik na obecność koronawirusa, jeśli w procesie badania trzeba było przeprowadzić 40 lub 37 cykli, aby wykryć wirusa.

Testy z tak wysokim progiem cykli mogą wykrywać nie tylko żywego wirusa, ale także fragmenty kodu genetycznego, pozostałości po zakażeniu, które nie stanowią szczególnego ryzyka - przypominają znalezienie włosa w pokoju długo po tym, jak osoba opuściła pokój, powiedział dr Mina.

Każdy test z progiem cyklu powyżej 35 jest zbyt czuły, zgodziła się Juliet Morrison, wirusolog z Uniwersytetu Kalifornijskiego w Riverside. "Jestem zszokowana, że ludzie mogą myśleć, że liczba 40 może oznaczać wynik pozytywny", powiedziała.

Bardziej rozsądną granicą byłaby wartość pomiędzy 30 a 35, dodała. Dr Mina powiedział, że ustawiłby tę liczbę na 30 albo nawet mniej. Te zmiany oznaczałyby, że ilość materiału genetycznego w próbce pacjenta musiałaby być 100, a nawet 1000 razy większa, niż w obecnym standardzie, aby uzyskać pozytywny wynik testu.

Urząd ds. Żywności i Leków stwierdził w oświadczeniu przesłanym pocztą elektroniczną, że nie określa zakresów progów cyklu wykorzystywanych do określenia, kto ma pozytywny wynik testu i że "producenci oraz laboratoria ustalają swoje własne zakresy".

Centra Kontroli i Zapobiegania Chorobom stwierdziły, że badają posługiwanie się progami cyklu "w celu podejmowania decyzji politycznych". Urząd stwierdził, że będzie musiał współpracować z F.D.A. i z producentami urządzeń, aby zapewnić, że "podejmowane będą właściwe środki i że będzie zagwarantowane, że wiemy, jakie mają one znaczenie".

Z własnych obliczeń C.D.C. wynika, że wykrycie żywego wirusa w próbce powyżej progu 33 cykli jest niezwykle trudne. Urzędnicy w niektórych państwowych laboratoriach stwierdzili, że C.D.C. nie poprosił ich o zanotowanie progów ani o udostępnienie ich organizacjom zajmującym się śledzeniem kontaktów.

Na przykład, laboratorium państwowe w Północnej Karolinie używa testu na obecność koronawirusa Thermo Fisher, który automatycznie klasyfikuje wyniki w oparciu o próg 37 cykli. Rzeczniczka laboratorium stwierdziła, że laboranci nie mieli dostępu do dokładnych liczb.

Niektórzy eksperci twierdzą, że jest to ogromna, stracona szansa, aby dowiedzieć się więcej o tej chorobie.

"To po prostu niezwykle zastanawiające, że ludzie nie rejestrują wartości progów cykli z tych wszystkich testów - tylko po prostu przekazują wynik pozytywny lub negatywny", powiedziała Angela Rasmussen, wirusolog z Uniwersytetu Columbia w Nowym Jorku.

„Przydatna byłaby informacja, czy ten, kto uzyskał wynik pozytywny, ma wysokie, czy niskie miano wirusa” - dodała.

Urzędnicy z Wadsworth Center, nowojorskiego laboratorium stanowego, mają dostęp do wartości progu cykli z przetworzonych przez siebie testów i na prośbę The Timesa je zanalizowali. W lipcu laboratorium zidentyfikowano 794 testy z wynikiem pozytywnym uzyskanym w oparciu o próg 40 cykli.

Przy progu 35, około połowa z tych testów nie kwalifikowałaby ich jako pozytywne. Około 70 procent nie byłoby już oceniane jako pozytywne, gdyby próg cyklu były ograniczony do 30.

W Massachusetts, od 85 do 90 procent osób, które uzyskały wynik pozytywny w lipcu przy progu 40 cykli, zostałoby uznanych za mające wynik negatywny, gdyby próg wynosił 30 cykli, powiedział dr Mina. "Powiedziałbym, że żadna z tych osób nie powinna być poddana śledzeniu kontaktów", stwierdził.

Inni eksperci poinformowani o tych liczbach byli oszołomieni.

"Jestem naprawdę zszokowany, że odsetek ludzi z wysokimi wartościami progu cyklu jest tak wysoki" powiedział dr Ashish Jha, dyrektor Harvard Global Health Institute. "To naprawdę zmienia sposób, w jaki powinniśmy myśleć o testach."

Dr. Jha powiedział, że myślał o teście PCR jako o problemie, ponieważ nie da się go skalować pod względem ilości, częstotliwości czy prędkości potrzebnych testów. "Ale zdaję sobie sprawę, że naprawdę istotnym problemem jest to, że nie testujemy ludzi, których powinniśmy testować", powiedział.

Szczególnie niepokojąca jest liczba osób z pozytywnymi wynikami, które nie zarażają, powiedział Scott Becker, dyrektor wykonawczy Stowarzyszenia Laboratoriów Zdrowia Publicznego (Association of Public Health Laboratories). "Bardzo martwi mnie to, że jest tak wysoka" - powiedział, i dodał, że organizacja zamierzała spotkać się z dr Miną, aby omówić tę kwestię.

F.D.A. zauważyło, że ludzie mogą mieć niskie miano wirusa, gdy są świeżo zarażeni. Test o mniejszej czułości nie wykryłby tych infekcji.

Problem ten można łatwo rozwiązać, powiedziała dr Mina: "Przetestujmy ich jeszcze raz, chociażby 6 lub 15 godzin później", powiedział. Szybki test znalazłby tych pacjentów szybko, pomimo, że jest mniej czuły, gdyż miano wirusa u tych ludzi szybko by wzrosło.

Jak powiedział dr Mina i inni eksperci, testy PCR nadal mają swoją rolę. Ich czułość jest np. atutem przy identyfikowaniu nowo zakażonych osób, które mają wziąć udział w badaniach klinicznych leków.

Ale ponieważ w niektórych częściach kraju co najmniej 20 procent osób uzyskuje pozytywny wynik testu na obecność wirusa, dr Mina i inni badacze kwestionują wykorzystanie testów PCR jako głównego narzędzia diagnostycznego.

Osoby zainfekowane wirusem są najbardziej zakaźne od jednego do dwóch dni przed wystąpieniem objawów do około pięciu dni po ich wystąpieniu. Ale przy obecnym tempie badań, "nie da się robić testów wystarczająco często, aby wstrzelić się w to okno czasowe", dodała dr Mina.

Wysoce czułe testy PCR wydawały się być najlepszą opcją do śledzenia rozprzestrzeniania się koronawirusa na początku pandemii. Jednak w obliczu szalejącej obecnie epidemii potrzebne są szybkie, tanie i liczne testy na obecność koronawirusowe, które pozwolą na częste testowanie każdego, który tego potrzebuje. Nawet przy założeniu, że są one mniej czułe" - powiedział.

"Może nie wykryją one każdego zarażającego wirusem, ale na pewno pozwolą na ustalenie ludzi o najwyższym wskaźniku zakaźności, tych „super zarażających”", powiedział dr Mina. "Samo to pozwoliłoby na wygaszenie epidemii praktycznie do zera."

źródło: Apoorva Mandavilli

https://www.nytimes.com/2020/08/29/health/coronavirus-testing.html

tłumaczenie: Ola Bocheńska